鲅鱼圈区建制前隶属盖县(现盖州市)管辖。1974年为适应东北地区经济的发展需要,国家决定在原辽宁省盖县鲅鱼圈乡建设营口新港(鲅鱼圈港)。1983年成立营口新港建设指挥部,开始施工建设,为促进港口发展,提供配套服务和有力保障。1984年1月27日经国务院批准,原盖县鲅鱼圈乡撤乡设立鲅鱼圈区,隶属营口市直接管辖。1988年1月8日,辽宁省委、省政府决定加速辽东半岛外向型经济建设,确定在鲅鱼圈区设立营口出口加工区,起步区0.5平方公里.作为辽宁对外开放的示范区和服务的“窗口”。1988年5月1日,营口出口加工区正式开工建设。1988年8月1日,营口出口加工区管理委员会正式成立。1990年8月采纳了联合国开发计划署派营口考察专家组的建议,把营口出口加工区改名为营口新港经济区,继而改称为营口新经济区。1992年4月11日营口市委、市政府决定鲅鱼圈区与营口新经济区合并,实行一套机构两块牌子的建制,即在区政府和管委会各自职能不变的情况下,实行统一领导、统一规划、统一决策、统一实施。1992年10月21日,国务院批准设立营口经济技术开发区,享受国家级开发区政策,起步区面积为5.6平方公里。1993 年3月1日,营口经济技术开发区管委会与鲅鱼圈区政府合并方案正式实施并正常运转。1998年12月,按照辽宁省委、省政府的要求,营口市委、市政府出台了《关于调整理顺营口经济技术开发区与营口市鲅鱼圈区管理体制的方案》。强化管委会的开发建设职能,精简政府机构,转变政府职能,营口经济技术开发区管委会由市政府授权，对区政府代行领导和管理;区政府主要职能是为开发区和港口建设提供服务和保障,赋予管委会作为市政府派出机关应有的职能,管委会代表市政府对开发区的经济、社会发展和行政事务实施统一的领导和管理。2004年1月8日,国务院批准调整鲅鱼圈区的行政区划,将原盖州市的熊岳。红旗、芦屯三镇成建制划入鲅鱼圈区。2015年8月14日,市委恢复组建了中共鲅鱼圈区委。