南京林业大学教务处、教学评估办公室负责制定全校本科教育的总体规划;负责全校本科教学管理规章制度、管理文件的制定与实施;负责组织教学改革与质量工程建设项目的实施与管理;负责教学运行、学籍、考务、证书管理;负责教学质量监控、考评以及教学事故认定及处理;负责教师教育教学能力和教学管理队伍的培训;负责实践创新训练管理、教材规划、建设与供应、现代教学技术的应用与管理等各项工作;负责学院(部)教学工作目标考核，实施教学质量评估。

现有正式在职职工27人，其中处级领导4人。下设教学科、教务科、教材科、考试中心、教育技术中心、教学质量科6个科级单位。