南通大学医学院前身是南通医学院，渊源于1912年3月清末状元张謇及其兄创办的私立南通医学专门学校，是我国最早创办的高等医学院校之一，至今已有103年的办学历史。

学院现有19个系，其中临床医学系、影像医学系下设18个教研室;分别设有基础医学和临床医学实验教学中心，还设有基础医学和临床医学研究中心及13个研究所。

学院有教职员工337人，其中专任教师248人，专任教师中高级职称比例为70.9%，博士(含在读)占61.7%，另外还有一大批兼职教师;现有博士生导师38人，硕士生导师414人。

学院现有国家重点学科培育建设点1个、省优势学科1个，省一级学科重点学科2个，二级学科重点学科22个。现有一级学科博士学位授权点2个，含二级学科博士学位授权点22个;有一级学科硕士学位授权点3个，含二级学科硕士学位授权点25个;国家级博士后科研流动站2个。

近几年来，学院获国家技术发明二等奖1项，江苏省科学技术进步一等奖2项，江苏省科技进步三等奖3项;获国家级科研项目111项，省部级科研项目43项，市厅级科研项目242项;获发明专利117项;发表论文3000余篇，其中SCI收录论文900余篇。

学院现有临床医学、口腔医学、医学影像学、生物信息学、康复治疗学5个本科专业。临床医学专业为国家级特色专业建设点、江苏省品牌专业;医学影像学专业为江苏省特色专业;康复治疗学专业与韩国大邱大学物理治疗专业开展2+2.5双学位合作办学项目。

学院现有全日制在校生3697人，其中本科生2566人，留学生367人，硕士研究生758人，博士研究生6人。

学院教学条件优越，科研设备精良，能满足基础医学、临床医学等学科及各专业教学科研工作需要。现有供各专业临床教学和毕业实习附属医院21所，教学实习医院49所。

学院现有国家级和江苏省实验教学示范中心各1个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级优秀教学团队1个，国家级精品课程1门，国家级精品资源共享课1门，省级精品课程5门，国家级精品教材和规划教材各1部，获省级教学成果奖特等奖2项、一等奖1项、二等奖3项。

2005年学院开始招收留学生，已有4届190人留学生毕业并授予学士学位。近年来，英语教学水平有较大提高，《病理学》入选教育部2013年度来华留学英语授课品牌课程，《口腔科学》被评为2014年江苏省全英文授课精品课程。2013年通过了教育部来华留学生临床医学教育评估。

学院重视对外交流与合作，与美国、英国、日本、德国、澳大利亚、韩国等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，先后派出了百余名教师出国交流访问、留学进修。

学院毕业生素以基础扎实、实践能力强、勤奋实干又富有创新精神而著称，涌现出了一批以中国科学院院士、长江学者、国家杰出青年科学基金获得者、享受国务院特殊津贴人员等为代表的杰出校友，为国家的医疗卫生事业做出了积极贡献，受到社会的充分肯定和广泛赞誉。