金陵协和神学院创建于1952年11月，在当时南京金陵神学院的基础上，由华东地区11所神学院及圣经学校联合而成，院长为丁光训。1961年，位于北京的燕京协和神学院也加入，使联合办学的学校数增至12所。1966-1980年，因文化大革命而停课，1981年2月恢复办学，院长仍为丁光训主教。2010年3月，董事会聘请丁光训主教为名誉院长、高峰牧师为院长、陈逸鲁牧师为常务副院长、王艾明牧师为副院长。2012年现有专职教师22位，其中有博士学位3人，还有5位在海外神学院攻读博士学位;现在有本科研究科学生310人，教牧研究生53人，函授学生1000人。现校址：江苏省南京市江宁大学城樵歌路100号。

金陵协和神学院是目前国内唯一一所全国性神学院，面向全国招生。1981年恢复招生以来，还承担着为各兄弟神学院校培养师资、为各地两会培养各种专门人才的任务，加上老一辈教师的影响，形成了金陵协和神学院教研并重的学术传统。学院除主动组织各种形式的研讨会、邀请国内外知名学者来院演讲外，还鼓励、支持老师积极参加学术界组织研讨会。学院出版部也组织力量，出版各种神学专著，尤其是出版本院老师教学之余的研究成果。学院长年坚持出版学术期刊《金陵神学志》，以及面向基层教会义工的《教材》。

作为一所具有国际知名度的学院，也是全国唯一一所具有聘请外教授课资格的神学院。金陵协和神学院本着独立自主的原则，积极开展对外交往，接待世界各地基督教知名领袖、学者和教会人士。通过报告会、研讨会和座谈会等形式，与来访的客人进行多方面的交流，增进了解，促进友谊。例如，今年10月，我们成功地承办了“第八届基督宗教在当代中国社会的作用及其影响”高级论坛。同时，也派遣本院老师出国(境)访学，参加国际基督教会议或进修。这些活动，扩大了学院的影响，使更多的海外朋友了解到我国的宗教信仰自由政策。同时，这些活动也有助于开阔学生视野，提高他们的思想境界，激发他们的学习热情。总之，积极的对外交往，为学院赢得世界基督教界广泛的理解与支持、提高学院办学水平、推进学院学术研究等方面，都有积极的影响。

金陵协和神学院自1952年创校时，就坐落在南京市鼓楼区大锏银巷，原金陵女子神学院所在地。校园占地不足30亩，仅能容纳学生200人。进入新世纪后，随着中国基督教的发展，金陵协和神学院的办学规模已难以适应教会发展。在中央和地方各级党政部门的支持下，在南京江宁大学城内划拔了200亩土地作为金陵协和神学院新校园用地，并得到中央财政的有力支持。在各方关怀下，金陵协和神学院新校园于2005年1月17日举行奠基礼，正式开工建设。2009年3月，学院迁入新校园，扩大招生规模，争取达到500人。

经过60年的办学，金陵协和神学院的毕业生约2000人，除约46人移居海外以外，其余分布在32个省(市、自治区)，绝大多数工作在中国教会第一线，为中国教会健康发展，为维护社会稳定，为构建社会主义和谐社会作出了贡献。

自创校以来，金陵协和神学院在党和政府的大力支持下，在中国基督教全国两会领导下，靠着全院师生和全国广大基督徒的努力，遵循老院长丁光训主教拟订的办学方针，坚持走爱国爱教的三自道路，培养灵、德、智、体、群全面发展的神学生，已经取得了丰硕的成果。

金陵协和神学院目前有四种学制：全日制本科，招收高中及以上学历学生，学制4年，修读完所有课程，考试合格，准予毕业，发给本科毕业证书，并有资格申请本院学士学位;全日制研究科，招收神学及普通高校本科毕业学生，学制3年，修读完所有课程，考试合格，准予毕业，发给研究科毕业证书，并有资格申请本院硕士学位;非全日制教牧研究生班，招收全国各地已在教会工作若干年的教牧同工，学制2年半，每学期集中授课一次，每次约4-5周，修读完所有课程，考试合格，准予毕业，发给教牧研究生班毕业证书;函授班，招收初中以上文化程度学员，学制3年，修读完所有课程，考试合格，准予毕业，发给函授班毕业证书