1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，在凤凰山留下一个工作站，该站隶属关系几经变更，1972年经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别，并具有法人资格。云南天文台是国家首批博士学位、硕士学位授予点，设博士后流动站。现有一台两站（台本部、抚仙湖太阳观测站和丽江天文观测站）。设13个研究团组：大样本恒星演化研究团组、恒星物理研究团组、高能天体物理研究团组、天体测量技术及应用研究团组、双星与变星研究团组、系外行星研究团组、射电天文与VLBI研究团组、太阳活动和CME理论研究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、应用天文研究组、选址与日冕观测组、自由探索组。