黑龙江省社会科学院的前身是1960年建立的中国科学院黑龙江分院哲学社会科学学部和1964年成立的省哲学社会科学研究所。1979年，经省委批准，组建黑龙江省社会科学院。2018年，省政府发展研究中心、省民族研究所并入，组建新的省社科院。省社会科学院设有历史研究所、政治学研究所、经济研究所、哲学与文化研究所、社会学研究所、文学研究所、俄罗斯研究所、东北亚研究所、应用经济研究所、农村发展研究所、犹太研究中心、法学研究所、民族研究所（机构改革并入）14个研究所。宏观经济处、工业经济处、农村经济处、服务业处、社会发展处、对外经济处、区域经济处、信息处10个研究处室（机构改革并入）。与省委宣传部共建马克思主义学院。拥有东北亚战略研究院、黑龙江社会发展与地方治理研究院2个省级重点培育智库和黑龙江振兴发展研究院、黑龙江历史文化研究院2个院级专业智库。依托12个市地社科联（院）建立了分院。